Theo lời kể của Tseng, lãnh đạo bộ phận gián điệp và ám sát tinh nhuệ được gọi là Turks, Last Order chuyển tiếp giữa sự cố ở Nibelheim và vụ Zack Fair bỏ trốn sang Midgar với người bạn đang hôn mê là Cloud Strife. Suốt trong sự kiện Nibelheim, Sephiroth gần như phát điên khi phát hiện ra thân thế của mình, đã đốt cháy làng Nibelheim. Sau khi giết chết nhiều người dân vô tội, hắn tiến đến lò phản ứng Nibelheim là nơi cất giấu Jenova. Tifa, một cư dân ở Nibelheim, tấn công Sephiroth ngay khi hắn vừa đặt chân đến đây. Sephiroth đánh cô sang một bên và tiếp tục tiến lại gần cơ thể của Jenova, được bảo quản trong một bồn thủy tinh lớn chứa đầy chất lỏng. Zack vội bám theo Sephiroth vào lò phản ứng và giao chiến với hắn, nhưng Sephiroth có thể tước khí giới và vô hiệu hóa năng lực của anh. Sephiroth quay trở lại cơ thể của Jenova, nhưng không nhận ra Cloud đang lại gần hắn.

Cloud ngay lập tức đâm xuyên người Sephiroth bằng thanh kiếm của mình, đập vỡ bể thủy tinh chứa Jenova. Anh trở lại chỗ Tifa và hai người nói chuyện, trong khi Sephiroth cắt đầu Jenova. Hắn mang theo cái đầu chạy về phía Cloud và họ đánh lẫn nhau. Trong cuộc chiến, Cloud bị đâm xuyên qua dạ dày và treo trên lõi lò phản ứng. May thay, Cloud ráng sức cầm lấy thanh kiếm của Sephiroth và di chuyển lưỡi kiếm xuống đất và ném Sephiroth sang một bên. Sephiroth bở dở trận đánh và nhảy vào lõi lò phản ứng với cái đầu Jenova hòng bước sang "Promised Land". Mặc dù Zack và Cloud sống sót qua trận kịch chiến đến phút cuối, họ vẫn được Hojo đưa đến Biệt thự Shinra để tiến hành thử nghiệm.

Sự kiện khác được kể lại tường tận trong Last Order làm sáng tỏ vụ trốn thoát của Zack và Cloud từ tay Shinra. Trong thời gian tại Biệt thự Shinra, Cloud đã phải chịu đựng chứng ngộ độc Mako do sự gia tăng những ký ức tràn ngập trong tâm trí anh,[14] khiến anh rơi vào trạng thái vô thức, không phản ứng gì khác. Zack cùng với Cloud rời khỏi nơi đây với ý định trở về Midgar, trụ sở chính của Shinra. Tuy nhiên, Shinra đã ra lệnh cho SOLDIER và Turks truy tìm và tiêu diệt hai tên đào ngũ này. Tseng quyết định bắt sống họ.

Phát cáu vì phải trông chừng Zack và Cloud bị trói chặt phía sau thùng xe tải, các đặc vụ của Shinra đã quyết định phớt lờ lệnh đợi đội Turks tới. Một mục tiêu nhắm vào Cloud đang bị tổn thương vì chất độc ngấm vào người. Zack nhảy lên trước mặt Cloud, hét vào mặt anh chạy trốn cho mau.